作為首席科學家主持完成兩項國家“973”項目,先后承擔40余項國家級重大課題。從1997年開始,吳以嶺帶領團隊不斷攻關,創立中醫藥“理論+臨床+新藥+實驗+循證”一體化中醫藥發展新模式。運用絡病理論指導研制出10個國家專利新藥,采用國際公認的循證醫學研究方法開展10余項臨床研究,證實通絡藥物在心腦血管疾病、糖尿病、腫瘤、流感等臨床重大疾病防治方面具有顯著療效,獲得國際醫學界高度關注和肯定評價。多次列入基藥目錄、醫保目錄、權威指南/共識及“十三五”規劃教材。先后獲得國家科技進步一等獎1項、國家科技進步二等獎4項、國家技術發明二等獎1項、何梁何利獎及多項省部級獎,對推動中醫藥現代化、產業化、國際化做出貢獻。
2020年初暴發的新冠疫情,波及甚廣,對人民的生命造成極大威脅。吳以嶺團隊在2003年SARS期間研發的連花清瘟在抗擊新冠疫情中再次發揮重要作用。2020年6月7日,在國務院新聞辦公室發布的《抗擊新冠肺炎疫情的中國行動》白皮書中,充分肯定了中醫藥在新冠肺炎疫情防控和救治中的重要作用。以連花清瘟等“三藥三方”為代表的針對不同類型新冠肺炎的治療中成藥和方藥,臨床療效確切,有效降低了發病率、轉重率、病亡率,促進了核酸轉陰,提高了治愈率,加快了恢復期康復。
疫情期間,連花清瘟作為基礎用藥在疫區醫院廣泛應用。鐘南山院士團隊研究證實其對新冠病毒有明確抑制作用,中國醫學科學院實驗證實其可顯著改善新冠病毒感染小鼠肺部炎癥損傷,由鐘南山院士、李蘭娟院士、張伯禮院士等主持的臨床循證醫學研究證實連花清瘟可顯著提高主要癥狀(發熱、乏力、咳嗽)消失率,顯著縮短主要癥狀持續時間和疾病治療時間,提高CT好轉率和疾病治愈率,在促進核酸轉陰、降低轉重型比例方面也有較好趨勢,而且安全性良好。此項研究發表在國際知名雜志Phytomedicine,是全球首篇中成藥治療新冠肺炎的隨機對照、多中心臨床研究文章。新近研究初步證實連花清瘟對變異新冠病毒亦有明顯抑制作用。2020年連花清瘟被國家藥監局批準增加新冠肺炎適應癥,全國多個省市政府緊急采購連花清瘟向疫區群眾發放服用,已出口到20多個國家和地區,對疫情防控起到了非常積極的作用。