菲律賓附近海域安全情況的變化，讓船運業頗為頭痛。路透社說，“新的‘海盜熱點’出現，迫使船運企業改變航線，成本也因此上升，他們需要花更長時間才能將諸如澳鐵礦石等商品運往亞洲主要目的地”。

　　德國漢堡OskarWehr船運公司駐新加坡租賃業務經理本尼迪克特·布魯格曼表示，“無論是空船還是滿載貨物的船只，如今我們都正盡最大努力避開蘇祿海，以免將船只和船員置于險境。這非常令人痛心。”船運行業高管表示，目前至少已有6家船運公司的船只正在繞開這片海域航行。“如今，我們所有從澳大利亞駛往中國和東北亞的船只都在經過菲律賓東部海域航行，這是主動預防遭到海盜攻擊的舉動”，臺灣船運企業裕民航運總經理如是說。美國商業內幕網站稱，這樣繞道的話，從位于西澳的主要鐵礦石港口黑德蘭港通往東北亞需要約14天半航程，比以往增加半天時間。盡管每艘船每天增加的約300美元燃油費并不算多，但日積月累下來，將使其付出巨額成本，這對原本就已受困于極低利潤率的航運業來說，無異于雪上加霜。

　　雖然菲律賓南部海域的狀況堪憂，給船員安全、船運帶來嚴重影響，不過就“新索馬里”一說，接受《環球時報》記者采訪的菲律賓人和中國專家都持謹慎態度。“盡管存在非法活動，但很難將菲律賓與索馬里相比。”菲律賓媒體人梅洛·阿庫納對《環球時報》記者說，該海域存在不安全因素，是因為它位于“可滲透”的三國邊界之間。今年菲律賓是東盟輪值主席國，菲有機會在東盟內部組成“統一戰線”應對該問題。

　　蘇浩認為，“菲南部海域的狀況遠不至于像索馬里那樣嚴重。一方面，索馬里此前的惡劣情勢有國家政府的低效和失敗的原因，而菲政府始終在努力打擊南部海域的恐怖勢力;另一方面，這里的恐怖分子主要針對的是菲律賓國內，對外的襲擊不是非常突出。”