據報道,肇事客機是編號MH132的A330空中巴士,當日凌晨2時23分在奧克蘭起飛,8分鐘后機師發現客機較正常航道偏南,似是飛向墨爾本,于是詢問奧克蘭空管人員,之后調整航道飛往吉隆坡。新西蘭空管機構Airways事后透露,機師及空管中心收到的飛行計劃有別,兩者目的地同樣是吉隆坡,只是航道及預定離開新西蘭領空的地點有所不同,經協調后已解決問題。Airways稱會與馬航合作,調查出現混亂的原因。
新西蘭航空評論員克拉克指出,由新西蘭起飛往北方目的地的客機,有時會為避開逆風或惡劣天氣而繞經澳大利亞南部。他猜測該機師之前可能未試過較原定航線偏南太多,故詢問空管人員詳情。他贊揚這名機師機警,沒有盲目跟隨所定航線。
新西蘭氣象機構WeatherWatch首席分析師鄧肯則稱,事發當日新西蘭與吉隆坡之間地區的天氣狀況良好,但澳大利亞北部與巴布亞新幾內亞之間有暴風雨,或因此影響航線。